每年12月底前提交项目（课题）年度执行情况报告，定期向部际联席会议和牵头组织单位报告重大专项实施进展情况，组织编制重大专项验收材料。 

　　第四十一条  阶段总结。 

　　各重大专项每个五年计划的最后一年组织进行阶段总结。重大专项牵头组织单位组织专业机构编制形成重大专项阶段执行情况报告，报送三部门。 

　　三部门将阶段总结及评估监督情况汇总，上报国务院。 

　　第四十二条  各重大专项总结验收。 

　　重大专项牵头组织单位根据重大专项任务目标完成及项目（课题）验收情况，形成实施情况报告并向三部门提出整体验收申请。原则上，应于重大专项即将达到执行期限或执行期限结束后6个月内提出验收申请。组织实施顺利、提前完成任务目标的，可提前申请验收。 

　　三部门收到验收申请后，根据各重大专项实施方案，组织开展整体验收工作，重点从目标指标完成程度、组织实施和管理情况、资金使用情况和效益、实施成效和影响等方面进行综合评价，形成验收报告和整体验收结论，并将各重大专项整体验收结论和实施情况总结报告上报党中央、国务院。 

第八章  资金管理

　　第四十三条  重大专项资金来源包括中央财政资金、地方财政资金、单位自筹资金以及从其他渠道获得的资金。 

　　第四十四条  统筹使用各渠道资金，提高资金使用效益。中央财政资金严格执行财政预算管理和重大专项资金管理办法的有关规定；其他来源的资金按照相应的管理规定进行管理。重大专项资金要专款专用、单独核算、注重绩效。 

　　第四十五条  重大专项的资金使用要严格按照有关审计规定进行重大专项审计，保障资金使用规范、有效。 

第九章  成果、知识产权和资产管理

　　第四十六条  各重大专项要建立知识产权保护和管理的长效机制，制定明确的知识产权目标，指定专门机构和人员负责知识产权工作，跟踪国内外相关领域知识产权动态，形成知识产权分析报告，为科学决策提供参考。各重大专项要建立知识产权管理、考核和目标评估制度。必要时，可委托知识产权专业机构负责相关工作。