专项严格按照《中国科学院战略性先导科技专项管理办法》、《中国科学院Ａ类战略性先导科技专项管理实施细则》、《中国科学院战略性先导科技专项经费管理实施细则》、《中国科学院战略性先导科技专项人员管理实施细则》、《中国科学院战略性先导科技专项中期检查和结题验收实施细则》进行管理与实施。参加专项研究工作的各个单位接受专项负责人、专项管理办公室和各级科技主管部门的管理、监督和检查。 

专项实行先导专项领导小组统一领导、先导专项总体组具体组织实施下的各任务承担单位负责制。 

（一）专项设立专项总指挥和首席科学家系统。 

（二）专项组织实施采用“行政指挥线”和“科技指挥线”双线并行管理模式。“行政指挥线”设置专项协调组，“科技指挥线”设置专项总体组。 

（三）专项设立专项监理组，监督、检查各先导专项的任务执行情况，及时报告并提出相关建议，为专项管理决策提供支撑。 

（四）专项设立专项总体组办公室，设在中国科学院地球科学研究院，由依托单位科技处、财务处、科技支撑处、各项目联系人、财务主管、档案主管、知识产权主管等人员组成。